Energon-universumi sijoittuu nykyhetkeen ja sen nimi viittaa aineeseen, jota Transformers tarvitsee selviytyäkseen.
Pyhässä renkaassa käydään sotaa planeettojen Agorria ja Zertonia välillä. Kun kaksi kilpailijaa törmäävät salaperäiseen pikkuplaneettaan, heidän on työskenneltävä yhdessä selviytyäkseen. Samalla he oppivat salaisuuden, joka muuttaa kaiken, mitä he uskoivat tietävänsä heidän sodastaan.
Samaan aikaan toinen Cybertronin sota Autobottien ja Decepticonien välillä laajenee Maahan, mikä johtaa G.I. Joen perustamiseen vastavoimanaan mystinen terroristijärjestö Cobra. Tapahtumaketju saa kaikki nämä ryhmittymät taistelemaan toisiaan vastaan, mikä muuttaa ihmiskunnan – ja maailmankaikkeuden – kohtalon ikuisiksi ajoiksi.