Sitä mustaa tussia on siinä viivassa sen verran paljon että se lähtee liikenteeseen kun päälle vetäisee alkoholipohjaisella markkerilla. Osittain tämä johtuu mekaanisesta rasituksesta ja osittain siitä että kuitukärkikynän jälki ei ole permanenttia. Mulla ainoastaan joku 0,1mm:n kuitukärkikynän, tosi ohut jälki kestää joten kuten suttaantumatta jos sen antaa kuivua kunnolla. Ja kuten totesit, paperilla on väliä.
Liuottimellakin on väliä, niin kuin Janne T mainitsi, mutta käytännössä se toimii vain niin päin niin että vesiliukoisella mustalla kuitukärkikynällä voi piirtää markkerijäljen päälle ilman ongelmia. Tässä tekniikassa värityksen alla voi toki olla hentoinen lyikkäriluonnos tai sitten värityksen voi tehdä ensin luonnoksen ja valopöydän avulla tai läpinäkyvälle paperille.
Oletan että kaikesta huolimatta haluat tehdä mustat ensin ja värittää vasta sen jälkeen. Yksinkertaisimmin ongelman voi kiertää ottamalla "lineartista" valokopion tai skannauksen kautta lasertulosteen (jos osaa).
Loppupeleissä "mangatyyli", jossa kuvia väritetään markkereilla ei kuitenkaan ole mikään professionaali työtapa. Painokelpoisten originaalien tekeminen on joka tapauksessa eri asia kuin kotitarvepiirustelu.
Loppuun vielä pakollinen mainos.

Mangan värit kirjassa kerrotaan eri värien käytöstä/valitsemisesta ja sarjakuvien väritystekniikoista.
EDIT: typo