Vuonna 1969 joukko poikia piirtää merkin keskinäisen ystävyytensä symboliksi. Kolmikymppisinä he ovat unohtaneet salaseuransa maailmanvalloitussuunnitelmineen, kunnes heistä vastuuntuntoisin, Kenji, kohtaa tutun symbolin lapsuudenystävänsä kuoleman yhteydessä ja alkaa selvittää mitä sen taakse kätkeytyy.
Kenjin vatsaa kiertää tunne siitä, että maailmassa on tapahtumassa jotain suurta ja tapahtumat kiertyvät selittämättömästi hänen lapsuuteensa. Kenjin pelot osoittautuvat todeksi hänen saadessaan selville, että symboli on mystisen ”Ystävän” käytössä, joka toteuttaa Kenjin poikana ideoimaa suunnitelmaa kohti maailman tuhoa. Suunnitelmaa, josta hän itse muistaa vain hajanaisia sirpaleita.
Naoki Urasawa, sarjasta Monster tunnettu, on tarinavetoisten tarinoiden mestari. 20th Century Boys on mangan Lost, joka avautuu lukijalle takautumien avulla. Eri aikana kulkevan tarinan viimeistelevät Urusawan persoonalliset ja luonteikkaat henkilöhahmot.
Urasawa kuljettaa taiten juonta nykyhetken ja poikien menneisyyden välillä. Samalla hänen tarinansa toimii monella tasolla jännitystarinana, scifi-juonena, lapsuuden- ja ystävyydenkuvauksena.
Urasawa luottaa lukijan kärsivällisyyteen ja pitkäjänteisyyteen tavalla, mitä enää vain harvoin sarjakuvissa kohtaa. Juonikehys tosin tuntuu niin massiiviselta, että hieman sitä lukiessa pohtii, kykeneekö tekijä kutomaan kokonaisuudesta koherenttia, mutta toistaiseksi lukija jää teokseen kuin mato koukkuun.